4. Pain aka Nagato
Di posisi keempat musuh Naruto yang sebenarnya baik ada Pain alias Nagato. Bersama Kanon dan Yahiko, salah satu musuh terberat Naruto ini membangun Akatsuki untuk mengubah dunia menjadi lebih baik. Sayangnya tujuan tersebut malah berubah akibat kematian Yahiko. Setelah pertarungan sengit melawan Naruto, Naruto pun menaruh belas kasihan pada Nagato yang juga telah membunuh Jiraiya guru mereka. Pada akhirnya Nagato menyesal akan perbuatannya setelah disadarkan oleh Naruto.
3. Haku
Di posisi ketiga ada Haku yang merupakan pengikut setia Zabuza. Haku sejak kecil tidak diinginkan oleh keluarganya, ibunya dibunuh oleh ayahnya karena kemampuan unik Haku yang kemudian Haku membunuh ayahnya. Ditengah kesendirian, Zabuza mengambil Haku dan menjadikannya alat peperangan. Meskipun dijadikan alat, Haku tetap setia bahkan saat dijadikan tameng untuk melindungi Zabuza. Naruto dan timnya tersentuh atas Haku dan Naruto juga menemukan jalan ninjanya karena salah satu musuh Naruto yang sebenarnya baik ini.
2. Itachi Uchiha
Di posisi kedua ada Itachi Uchiha yang terkenal sebagai pengkhianat Konoha yang telah membantai semua klam Uchiha sejak awal cerita Naruto. Lama kelamaan rahasia tersebut mulai terkikis dan memunculkan sosok Itachi yang sebenarnya telah banyak berkorban untuk desa dan kini dianggap sebagai pengkhianat desa. Itachi masuk dalam daftar musuh Naruto yang sebenarnya baik dan sangat mengharukan kisah hidupnya.
1. Orochimaru
Di posisi pertama ada Orochimaru, siapa yang tak mengenal sosok yang selalu berpenampilan menakutkan ini. Orochimaru selalu digambarkan sebagai orang yang haus akan kekuasaan. Namun, di akhir cerita Orochimaru memutuskan untuk menyelamatkan Konoha setelah memahami fakta sejarah Konoha. Salah satu dari tiga ninja legendaris ini juga membantu Tsunade yang terluka untuk hidup lagi dan juga membantu Sasuke dengan tim khususnya. Jadi bisa dibilang Orochimaru merupakan musuh Naruto yang sebenarnya baik.
